① 請負業者の選定において最終費用の予測がつかないまま業者決定となるのでその単価設定が他の競争相手に比べやすくても最終費用が高くなるケースがある。
すなわち、入札の評価が難しい。基本的にはUnit Rate(単金)ベースの競争となるが、請負業者の能力や経験からの参考定額価格を求められる場合もある。
② 顧客(ユーザ)は請負業者プロジェクト関連の収支明細を出させ、プロジェクト進行中での請負業者のプロジェクト関連コストのチェックを行う必要が発生する。このチェックをするためには顧客(ユーザ)は請負業者の技術的説明を理解し、できれば反論ができ、最終結論も速やかに行うことができなければならない。この能力もなくコストプラスフィー契約を選択した場合には、トラブルが発生する。
③ コストプラスフィー契約の場合は顧客(ユーザ)も請負側もプロジェクトのフェーズが基本設計、詳細設計そして機材調達運搬そして機材設置とフェーズが進むにつれて費用把握も複雑となり、そのための書類、プロジェクトに従事するスタッフや関係者のチェック役務が増加し、プロジェクト運営が双方とも複雑となり、いわゆるドキュメント戦争となりプロジェクト運営がより複雑となる。
すなわち、Cost Justification が一つの作業となるため、請負業者側には財務、またはアドミの人員配置が必要となる。