① システム構想 人と物資の輸送が混在し、人を運ぶための安全係数や冗長構成は物を運ぶためのシステムとしては重量増で非効率になっていた。ミッションがISS建設、宇宙実験室、衛星放出などの多目的であるためシステムが複雑化して、高コストになった。 ② 安全性
打ち上げからロケット分離までの間は、トラブルがあっても乗員の脱出ができない期間が存在するシステム構想の問題。チャレンジャー事故はこの間に起きた。ちなみにロシアのソユーズでは、101回の打ち上げで2回緊急脱出システムを作動させクルーを安全に地上に帰還させている。
また、乗員喪失確率が当初1/100000から1/1000であったが、実際は135回の飛行で2回事故 (2/135) 、当初予測していた安全性と実績では大きな乖離があった。 ③ 運用性
年間打ち上げを当初50回としていたが、実績は多い年で9回であった。運用性を考慮した地上系とフライト系を含めたシステムエンジニアリングが欠如していた。